Kalat ovat tärkeä tekijä vesistöjen ekosysteemeissä, ja osa ravintoketjusta kulkevasta fosforista on sitoutuneena kalojen biomassaan. Kalastamisella voidaan tätä kautta vaikuttaa vesistön ravinnemäärään. Keskimäärin kalojen painosta n. 0,7 % on fosforia, eli kalastamalla 1000 kg kalaa saadaan vesistöstä poistettua 7 kg fosforia. Pohjois-Savossa kaupallisen kalastuksen saalis oli vuonna 2018 425 tonnia, joten kyseisenä vuotena ammattikalastus poisti alueen vesistöistä n. 1750 kg fosforia.
Hyvänä esimerkkinä toimii myös Satakunnassa sijaitseva Säkylän Pyhäjärvi. On arvioitu, että noin neljäsosa suurikokoisen Pyhäjärven vuotuisesta ulkoisesta fosforikuormasta poistuu kalastuksen kautta. Vuosien 1995–2016 välillä Pyhäjärvestä saatu kalasaaliin kokonaispaino oli yli 15 miljoonaa kiloa, ja saaliin mukana fosforia on poistunut järviekosysteemistä yli 100 000 kiloa.
Iisalmen reitin rehevissä vesissä voisi olla potentiaalia eri särkikalalajien nykyistä tehokkaammalla pyynnille.
Monet Suomen vesistöistä kärsivät rehevöitymisestä, jolloin niiden ravinnemäärät ovat kasvaneet luontaisesta. Tyypillisesti planktonlevien kasvua rajoittava tekijä on fosfori. Rehevöityminen johtaa mm. leväkukintoihin, veden samenemiseen ja kalaston lajirakenteen muutokseen. Särkikalalajeilla on tyypillisesti rehevöityneessä järvessä kilpailuetu, ja niiden määrä rehevöityneessä vesistössä kasvaa. Ravintoketjukunnostuksessa vähennetään ylitiheää särkikalakantaa tehokalastusten avulla. Kun särkikalojen määrä laskee riittävästi, leviä syövän eläinplanktonin merkitys kasvaa, jolloin leväkukintojen todennäköisyys vähenee. Myös petokalojen istutus ja kalastuksen ohjaus ovat tärkeitä tekijöitä ravintoketjukunnostuksessa. Mikäli rehevöitymisen juurisyy on sisäisen kuormituksen sijaan valuma-alueelta tuleva kuormitus, täytyy sitä pystyä vähentämään, tai muutoin järvi palaa tehokalastuksen jälkeen nopeasti entiseen tilaansa.
Jotta kalastus olisi pitkällä aikavälillä kestävällä pohjalla, tulisi sen määrän perustua arvioon kunkin vesistön ja kalalajin saalispotentiaalista. Jyväskylän yliopiston, Luonnonvarakeskuksen ja Pyhäjärvi-instituutin tekemässä tutkimuksessa esim. särjen nykyiseksi vuotuiseksi kalastusmääräksi on arvioitu 3–4 milj. kg, kun sen saalispotentiaalin on arvioitu olevan 12-26 milj. kg vuodessa. Ahvenelle vastaava saalispotentiaali arvioitiin olevan 6–12 milj. kg vuodessa.